Os objectivos do Departamento de EMRC e do SNEC são, designadamente, nas seguintes áreas de intervenção:
Elaboração e reforma do programa de Educação Moral e Religiosa Católica;
Monitorização da implementação do programa em vigor;
Elaboração de manuais escolares e outros recursos directamente relacionados com a leccionação de EMRC, sob a perspectiva do programa oficialmente em vigor;
Elaboração de outros materiais com evidente interesse pedagógico para as aulas de EMRC;
Elaboração e execução de projectos com interesse pedagógico, direccionados à dinamização de EMRC.
Elaboração, acompanhamento e participação em projectos de formação dos docentes de EMRC, em estreita ligação com entidades formadoras, direccionados para as competências específicas da área de EMRC;
Acompanhamento da legislação em matéria de educação e da sua execução quando interfere com a presença de EMRC nas escolas e as suas condições de exequibilidade;
Estabelecimento de contactos com as entidades do Ministério da Educação para resolução de problemas de natureza legislativa ou de natureza prática no que se refere à implementação da EMRC nas escolas;
Dinamização de contactos com os Secretariados Diocesanos do Ensino Religioso para auscultação das dificuldades de nível nacional, para a implementação de projectos de carácter nacional ou Interdiocesano, entre outros.
Divulgação das finalidades de EMRC junto dos encarregados de educação, dos alunos, das entidades do ministério de Educação e de outros intervenientes na acção educativa.
Recolher e tratar dados estatísticos na disciplina de EMRC.