O Departamento da Escola Católica ocupa-se das questões relacionadas com as Escolas Católicas Particulares e Cooperativas, nos diferentes ciclos do Ensino Básico e no Ensino Secundário, em todo o território português.
O departamento possui as seguintes funções:
1. Activar um Plano de Acção Nacional para apoio aos Bispos e aos Institutos Religiosos e Seculares com responsabilidades directas sobre escolas católicas;
2. Representar a Comissão Episcopal da Educação Cristã em reuniões nacionais e internacionais (CEEC e OIEC);
3. Considerar, no âmbito do Plano de Acção nacional, a necessidade de reflectir e aprofundar:
Diversidade e mudanças nos sectores da cultura e da educação;
Estilo de liderança das escolas;
Projecto Educativo;
Formação e qualidade dos docentes;
Responsabilidades dos Bispos de acompanhamento das escolas católicas nas respectivas dioceses;
Reconhecimento civil do serviço público que as escolas católicas prestam à sociedade.
4. Realização de eventos de carácter formativo e de reflexão;
5. Reuniões com a Associação de Escolas Católicas (APEC);
6. Levantamento de dados estatísticos da Implantação da Escola Católica em Portugal.